Le CRIGE est une association de la loi de 1901 créée en novembre 2002 par le Préfet de Région et le Président du Conseil Régional. Son fonctionnement est intégralement financé par des subventions de ses membres fondateurs, auxquels se sont associés depuis 2007 les six Conseils généraux. Le CRIGE est doté de statuts particuliers, adaptés à son mode de financement. Son fonctionnement s'appuie sur un Directoire, un Conseil de surveillance et plus classiquement une Assemblée générale.

Le Directoire

 Il est investi des pouvoirs les plus étendus. C'est l'organe exécutif de l'association. Il assure la gestion courante du CRIGE, élabore les budgets, recrute et gère le personnel. Il est composé de représentants de la société civile, élus par l'assemblée générale parmi les membres de l'association.

Le Conseil de surveillance

 Il définit les orientations de l'association, valide les budgets et veille au respect des statuts. Il nomme le directeur de l'association. Il rassemble des représentants des membres fondateurs élus par l'assemblée générale. Il est actuellement composé de quatre conseillers régionaux et quatre représentants de l'Etat. Il est présidé par un élu régional et co-présidé par le Secrétaire Général pour les Affaires Régionales.

L'Assemblée générale

 Elle réunit l'ensemble des représentants des membres de l'association. L'assemblée générale vote les budgets et les programmes d'actions. Elle approuve les comptes et les rapports d'activités. Elle élit le Directoire. Les membres fondateurs disposent chacun de six représentants. Les autres membres adhérents disposent chacun d'un représentant.